Introducción: A consecuencia de la pandemia de la Covid-19 el proceso docente educativo en la carrera de Estomatología se reorganiza para resguardar su calidad. Objetivos: Describir las modalidades de la enseñanza de Farmacología en la Facultad de Estomatología de La Habana en tiempos de Covid-19. Desarrollo: Frente a la situación epidemiológica, se organizó de forma emergente en la modalidad a distancia la asignatura Farmacología en la Carrera de Estomatología. Los resultados se analizaron, se perfeccionaron los métodos docentes y se estableció la estrategia pedagógica para la modalidad semipresencial. En la formación de los residentes en Estomatología General Integral se implementó el curso de postgrado virtual en Farmacología. De manera general las tareas docentes son diversas. Se utiliza el Aula Virtual de Salud, y la comunicación por correo electrónico y WhatsApp. Se analizaron fortalezas, oportunidades, debilidades y amenazas de las nuevas modalidades de enseñanza de la Farmacología en Estomatología. Conclusiones: Los cambios en la enseñanza de Farmacología en tiempos de Covid-19 aceleran las modalidades de educación a distancia y el amplio uso de las Tecnologías de la Información y Comunicación, como una forma de favorecer la formación continua de los estudiantes y calidad de las actividades docentes.